Algumas vezes quando executamos o comando apt-get autoremove ele lista pacotes ou programas que não queremos que sejam removido por gosto ou por motivo de algum erro, logo podemos desmarcar este pacote com o comando apt-mark
Caso o número de pacotes seja grande, vc pode copiar eles do shell, por num editor de texto, organizá-los e criar um loop em Shell Script pra executar o unmark em todos os pacotes, fica de exercício.
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Até a próxima!