1. Primeiramente edite o arquivo /etc/portage/package.accept_keywords e insira o conteúdo abaixo no final do arquivo

x11-plugins/compiz-plugins-main
x11-libs/compiz-bcop
x11-wm/compiz-fusion
x11-plugins/compiz-plugins-extra
x11-libs/libcompizconfig
x11-wm/compiz
dev-python/compizconfig-python
x11-libs/compizconfig-backend-gconf
x11-wm/emerald
x11-themes/emerald-themes
x11-apps/fusion-icon
x11-misc/ccsm

2. Depois edite o arquivo /etc/portage/package.use e insira o conteúdo abaixo no final do arquivo

x11-wm/compiz-fusion emerald

3. Instale os backends

emerge --ask x11-libs/compizconfig-backend-gconf

4. E por fim instale os pacotes para o Compiz

emerge --ask compiz-fusion fusion-icon ccsm simple-ccsm

Obs.: Se pedir para atualizar o /etc rode o comando abaixo e depois repita o item 4

etc-update --automode -5

Se os controles de janela (minimizar, maximizar e fechar) não aparecerem, abra as configurações do fusion-icon e habilite o Decorador de Janelas que resolverá!