Depois de mais de duas décadas do lançamento oficial do Linux e união com o projeto GNU, os usuários ainda sentem dificuldade em dar uma correta nomenclatura a esse sistema. O Linux na verdade é um Kernel, ou seja, o núcleo do sistema operacional, parte essa do sistema responsável pela interação entre os periféricos e os algoritmos que proporcionam qualidade no uso do sistema pelo usuário final. Depois dessa breve explanação, podemos dizer que é incorreto chamar todo o sistema operacional de Linux, já que esse nome representa apenas seu núcleo e não o conjunto de aplicativos, daemons (serviços) e outros.
É nesse ponto da discussão que vemos a presença do projeto GNU, O Software Livre. Haja vista que o Sistema Operacional é bem mais do que um kernel (apesar do que já é uma parte significativamente grande), é necessário uma composição de algo mais para formar um sistema utilizável, mesmo para os usuários nerds de carteirinha, ou apenas aqueles que preferem identificar-se como usuários avançados. O nome GNU/Linux surge essa conclusão, onde o Sistema Operacional na prática é a união do núcleo do sistema e os aplicativos que facilitam suas interações, no caso aplicativos muitas vezes do projeto GNU como a famosa GNU lib (glib), O particionador gparted (Gnu Parted), o Ambiente Gráfico Gnome e muitos outros.
O problema é que muitos usuários por motivos que poderiam lotar uma lista bem vasta preferem chamar apenas de Linux, seja lá pelo lado estético de ser um nome menor, mais simples de se dizer (pronuncia-se LÍ-nux e guû-noo LÍnux no caso do GNU/Linux) ou outros motivos que deixariam a leitura dessa matéria longa demais. Vemos então, que o correto na realidade seria chamar o sistema de GNU/Linux afinal fazemos referência a ele como todo, ou apenas Linux se quisermos ser diretos em referência ao KERNEL (núcleo do sistema).
Para vocês terem uma noção de como o caso é complicado, no próprio site do projeto GNU existe uma página reservada para os GUGL (Grupo de Usuários GNU/Linux) e não uma para a maioria dos grupos nomenclaturadas como GUL (Grupo de Usuários Linux). Um exemplo disso é a própria quantidade de GUGL cadastrados lá, que no momento de consulta chega a dois grupos em todo o planeta.
Eu particularmente, acredito que o nome Linux virou um vício de linguagem, no entanto se você dirigir-se a novatos e falar GNU/Linux, muitos acharão estranho e provavelmente ficarão confundidos . Então por questões de entendimento, por muitas vezes eu uso Linux mas no fundo eu não uso só o Kernel, na verdade, eu uso GNU/Linux pois as ferramentas são fundamentais, principalmente o Bash que eu sou fã.
https://pt.wikipedia.org/wiki/Controvérsia_quanto_à_nomenclatura_GNU/Linux
http://www.dwheeler.com/oss_fs_refs.html#linux-vs-gnu-linux
http://www.gnu.org/gnu/why-gnu-linux.pt-br.html